El Pamplonita es un río que fluye por el departamento colombiano de Norte de Santander, es tributario del Río Zulia que a su vez hace parte del Río Catatumbo. No está contaminado, aunque su caudal ha disminuido notablemente debido a la tala de árboles y la industria.
En sus orillas se encuentran varias localidades como: Pamplona, Pamplonita y la Zona metropolitana de Cúcuta, donde es la principal fuente de agua. Debido a que las ciudades no cuentan con plantas de tratamiento de agua (excepto Los Patios), las aguas residuales llegan directamente al río, lo que lo convierte en la cloaca de diez municipios del departamento colombiano, sin embargo las administraciones locales tienen sistemas de protección y cuentan con proyectos a futuro.
La necesidad de transportar el cacao, principal riqueza de la región antiguamente, convirtió, durante los siglos XVIII y XIX, al río Pamplonita en el eje principal de su economía. Fue navegable a principios de siglo, se transportaban mercancías desde Puerto Santander hasta los anclajes que existieron en el barrio San Luis, donde eran cargadas al tren de Cúcuta para su transporte hacia y desde el interior del país, fue uno de los primeros puertos fluviales y quizá el único que existió en el Oriente Colombiano.
La cobertura vegetal en la cuenca del pamplonita está representada en la mayor parte por bosques secundarios, con un área de 253.6 km². Se han Identificado para la cuenca 75 órdenes, 143 familias, y 560 especies reportadas. Entre los órdenes con más representación están los mirtales y rosales, con 7 familias; seguidos por sapindales y liliales (6 familias) y fabales, malvales y violales (5 familias). Según los listados de especies de flora amenazada y el Libro Rojo de Plantas Fanerógamas de Colombia, en la cuenca del río hay 18 especies con algún tipo de amenaza.
En aves se encuentran 19 órdenes, 52 familias y 258 especies, siendo el orden Passeriforme el más dominante con 21 familias, seguido del orden Piciforme con 4 familias, Apodiforme, Caprimulgiformes, Charadriformes, Ciconiforme, Coraciforme, Falconiforme con 3 familias y otros 11 géneros con 1 familia.
En cuanto a las familias, la más frecuente es Trochilidae con 26 especies, seguida por la familia Tyrannidae con 25 especies, conocidos como atrapamoscas y pirire, Furnariidae con 13 especies, llamados comúnmente como guito y trepapalo, Thraupidae y Accipritidae cada una con 11 especies.
En mamíferos se conformó un listado de 52 especies, registradas en 26 familias y 9 órdenes. La familia más representada es la Murdidae, correspondiente a los ratones, con 7 especies; seguida de la Mustelidae con 5, en la que están la comadreja y la marta, y la Felidae y Didelphidae (familia de los fara) con 4 cada una.
En anfibios se han identificado 13 especies, 2 órdenes y 8 familias. La familia Hylidae (Ranas) por 3 especies y las 6 restantes tienen una especie.
En el libro Peces del Pamplonita, un estudio realizado entre 2012 y 2013 por Ecopetrol dio como resultado más de 60 especies, ocho de ellas calificadas como vulnerables y 23 destacadas como de importancia para el consumo humano. Otras 31 son endémicas, es decir, exclusivas de la cuenca del Lago Maracaibo y 12 de ellas ornamentales.
